برخی از داوطلبان پس از انتشار نتایج آزمون دکتری در زمان اعلام نتایج آزمون دکتری از نتیجه خود ناراضی بوده و انتظار آن ها با آنچه که در کارنامه خود مشاهده می کنند مغایرت دارد. سازمان سنجش فرصتی را در اختیار داوطلبان معترض به نتایج اولیه خود قرار داده است. این دسته از داوطلبان می بایست از شرایط و نحوه درست اعتراض به نتایج آزمون دکتری آگاهی کامل داشته و مطمئن باشند که سازمان سنجش کلیه اعتراضات را با دقت پیگیری می کند. چنانچه داوطلبی اطمینان دارد که در محاسبه درصدها ، اعمال سهمیه ها و درج سوابق تحصیلی در کارنامه خود از سوی سازمان سنجش اشتباهی رخ داده می توانند از فرصت اعتراض به نتایج دکتری استفاده نماید.